しかしPASMOを利用するにあたって、幾つか注意しておくべき点があります。

その一つとして、ＪＲ−私鉄（地下鉄）−ＪＲで乗り継ぐと、 券売機で買う場合の運賃とパスモの自動引き落とし額に違いが出る可能性も考えられるのです。

（例）ＪＲ三鷹駅〜津田沼間で、途中の中野〜西船橋は東京メトロを利用すると……

・ 券売機の料金……５９０円
・ PASMOの料金…… ７８０円

PASMOでは全線ＪＲを利用したと判断され、運賃が高くなってしまうようです。
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　（参考：毎日新聞2007年3月14日より）

このほかの駅でも、ＪＲ−私鉄（地下鉄）−ＪＲで乗り継ぐと、 券売機で買う場合の運賃とPASMOの自動引き落とし額に違いが出る可能性が考えられます。

そのため乗り継ぎをする場合には、事前にきちんと料金を確かめておく必要があるかもしれません。